Con la conquista cristiana de 1489 se abría una nueva etapa en la historia de Almuñécar. Tras un breve periodo de paz y convivencia entre vencedores y vencidos, al amparo de las Capitulaciones que respetaban a la población morisca (musulmanes que viven bajo poder cristiano), estalló en Granada la primera revuelta morisca.

Las autoridades endurecieron la presión hacia los antiguos pobladores de al-Andalus, hasta que en 1568 Aben Humeya inició en La Alpujarra una rebelión que fue seguida por miles de moriscos granadinos hasta que fue sofocada en 1571 por las tropas de Don Juan de Austria. Ya no había esperanza para una convivencia pacífica entre cristianos y moriscos, que se vieron obligados a abandonar la tierra en la que habían permanecido durante siglos. Almuñécar no fue una excepción, y en 1571 ya no había moriscos en la población.

Sus propiedades fueron confiscadas y repartidas entre los cristianos que repoblaron la zona, que sufriría los efectos de la despoblación hasta el S.XVII, cuando numerosas crisis acecharon a la población.
Almuñécar cuyo partido judicial comprendía los lugares de Ítrabo, Jete, Lentejí y Otívar, a finales del S.XVIII contaba con casi 800 habitantes. Durante esa época la principal actividad económica era la agricultura, especialmente el cultivo de la caña de azúcar.

El movimiento ilustrado del “Siglo de las Luces” (S.XVIII) tuvo su repercusión en Almuñécar donde, a semejanza de otras poblaciones españolas, se inauguró la Sociedad Económica de Amigos del País, aunque la Guerra de la Independencia, con la que se inaugura la Edad Contemporánea, causaría la desaparición de este tipo de actividades.

El legado monumental de la ciudad se vio enriquecido con edificios como la Iglesia de La Encarnación, uno de los emblemas de la Almuñécar cristiana. Se desconoce el emplazamiento de la primera iglesia levantada por los cristianos una vez conquistada la ciudad, aunque la norma era que el primer templo se instalara en la antigua mezquita mayor, adaptada al cambio de culto.

De aspecto monumental en su exterior, la Iglesia de La Encarnación destaca por ser el primer templo de la provincia de Granada construido en estilo protobarroco. Basada en las trazas de Juan Herrera fue edificada en torno al 1600 por Ambrosio de Vico. Sobre la construcción se eleva la torre, esbelta y elegante, rematada por un chapitel.

Anterior en el tiempo es el Pilar de la Calle Real, que conserva una inscripción donde reza la fecha de 1559. Inspirado en el estilo renacentista, presenta un frontal de mármol decorado con una diosa de la fertilidad, de cuyos senos manaba el agua, enmarcada por dos mascarones de león, todo ello coronado por el escudo real español.

Durante las labores de restauración realizadas en el año 1994 se descubrió la antigua canalización que abastecía de agua al pilar, datada en los inicios del Imperio Romano.

Esta bella ensenada fue escenario del trágico naufragio de la Armada Española el 19 de octubre de 1562. El acontecimiento se enmarca dentro de la política naval de Felipe II, enfocada a frenar la expansión del Imperio Turco por el Mediterráneo, donde debía mantener un determinado número de galeras con la misión de vigilar los dominios imperiales.

El 18 de octubre de 1562, veintiocho galeras al mando de Don Juan de Mendoza partieron del puerto de Málaga cargadas de provisiones y con pasaje de mujeres y familias de soldados destinados en Orán. Un fuerte temporal sorprendió a la flota, que pasó la noche en la bahía de La Herradura. Al día siguiente, cuando parecía que el peligro había pasado, el temporal volvió con gran virulencia, quedando la Armada atrapada entre Cerro Gordo y la Punta de la Mona.

El incidente se saldó con el hundimiento de veinticinco galeras y la muerte de unas cinco mil personas, un hecho que ha quedado tristemente grabado en la historia de la Marina de Guerra Española. Los restos del naufragio permanecen bajo las aguas de La Herradura, ocultando una valiosa información que la arqueología submarina podría desvelar.